Le projet, d’un coût global de 4,3 milliards d’euros, repose sur un Partenariat Public Privé.

Les financements publics sont à hauteur de 50% du projet, répartis comme suit :

           - Etat : 900 millions d’€.
           - Europe : 333 millions d’€.
           - Collectivités locales (Conseils généraux et régionaux) : 710 millions d’€.
           - Ports : 106 millions d’€.

L’autre partie du financement est à charge du concessionnaire privé, qui amortira le projet par ses recettes propres, les péages liés à l’activité sur le canal et le loyer de l’Etat (au titre de l’AFTIF, taxe sur les transports).